밀러의 실험에서 기본적으로 문제가 되는 부분은 

 1.당시 대기 조성부분에 관해 확실치 않다.
 2.생성된 유기물을 섭식하는 생명체가 최초의 생명인가?

 하는 부분입니다.

 그러나 밀러의 실험은, 그때 한번으로 끝난것이 아니라 통제변인을 바꿔서 수천번 이상 실시되었습니다.
 수많은 과학자들이 밀러의 실험을 바탕으로 다양한 실험을 했으며, 또한 그 결과 역시 "생명체 탄생의 기본적 조건인 아미노산이 만들어진다" 였습니다.

 그럴 수 밖에 없는것이, 주어진 조건(탄소및 무기원소)들과 일정한 에너지를 가했을 경우 아미노산이 생성된다는 점은 이미 법칙적으로 정해져 있기 때문입니다. 한가지 비유를 하자면, 바닥에 "무수한 햄, 파, 맛살, 등등"을 뿌려놓고서 "이쑤시개"로 "강하게 수백번 무작위로" 내려찍으면 "꼬지 요리"가 완성되는 것과 비슷합니다. 뭐, 맛이나 양은 각각 다르겠지만.
 그러니까, 에너지와 원소만 있으면 언제든지 유기물이 만들어 질 수 있다는 것을 보여주는 실험에 불과한겁니다.
 가령, 주사위를 던지면 1~6의 숫자가 최소한 한번쯤은 나온다는 것을 직접 던져서 보여주는것과 같은 이치입니다.

 그럼 2번에 관해, 기사를 인용해 보겠습니다.
 (조금 전문적이지만;;)


 "과학자들은 고대의 바다가 최초의 생명체가 형성된 곳이라고 오랫동안믿어왔다. 하지만 이제 그 초점이 깊은 바다의 화산 지대로 옮겨지고 있다. 바다속의 분화구로부터 뿜어져나오는 금속 성분이 많은 연기 중에서 생명체의 중요한인자로 보이는 한 분자 구조를 발견한 것이다. 생명이 바다 속으로부터 진화될 수도있다는 가설을 제기했으며, 혹시 목성의 행성 유로파라는 별에서도 이같은 과정을거치고 있는 것이 아닌가라는 의문이 제기되었다.⊙ 많은 과학자들은 아미노산과 핵산의 원시적 군집 형태에서 최초의 생명 즉,살아있는 미생물이 탄생하여 서로의 먹이가 되었다는 사실을 의심했었다. 그러나1953년, 극적인 증거로 이 가설이 많은 신빙성을 확보했다 (Stanley Miller이 높은전압을 방전하여 생명의 기본 물질들을 생성해낸 실험을 말한다). 그러나 여기서또다른 문제가 제시되고 있다. 지구과학자들은 초창기 지구의 대기는 밀러씨의 실험조건과는 상이한 차이가 있다고 말하고 있다. 그리고 독일의 한 특허 변호사 또한,초기의 생명체는 다른 생명체들을 에너지원으로 하는 그런 종류가 아니고화학적에너지를 이용하는 종류라고 주장했다.⊙ 그 특허권 변호사와 뮌헨 대학의 화학자 Claudia Huber씨는 초창기의 생명체들은대사 작용에 아미노산 즙을 이용하여 진화에 관련했다는 것과는 관련이 없다는 점에동의하고 있다. 그들은 방향을 돌려서 화산의 연기가 많은 양의 금속 성분과 다른성분들을 포함하고 있는 것으로 알려졌는데 이중 일산화탄소, 니켈, 황화철, 그리고methyl thiol 등을 포함하고 있다는 점에 관심을 보였다. 그리고 이들의 반응 산물인thioacetic acid는 대사작용에 아주 중요한 역할을 하는 Acetyl CO-A의 구조와 매우유사하다는 사실은 이들의 흥미를 더욱 끌기 시작했다.⊙ 그래서 그들은 몇 가지의 기초적인 실험 결과에 따라 생명이 바다 속의 화산지역에서 생성되지 않았나 하는 가설을 설정하고, 유사한 점을 비교 평가하여 이런것들이 생명의 시초와 아무런 관련이 없는지 조사할 예정이다. 이들은 thioaceticacid 가 활성화되는 점이 Acetyl Co-A 와 유사한 점을 더욱 깊이 연구할 계획이며유전물질의 형성과도 어떤 연관이 있나 연구할 예정이다."